У земноводних є передні та задні кінцівки наземного типу, кожна з яких складається з трьох частин; у риб — парні плавці, пристосовані для плавання. На відміну від риб, у земноводних немає зябрових дуг, число кісток черепа набагато менше, є шийний і крижовий відділи хребта, кожен з яких складається з одного хребця; ребер, як правило, немає.

Кістки тазового поясу в риб не сполучені з основним скелетом, у земноводних — приєднані до хребта і злиті між собою для прикріплення потужних м’язів задніх кінцівок. У риб одне коло кровообігу та двокамерне серце, у земноводних — два кола кровообігу, серце трикамерне. Риби дихають розчиненим у воді киснем за допомогою зябер, земноводні — атмосферним киснем за допомогою легень та шкіри. У земноводних, на відміну від риб, є слинні залози, розвинена клоака — розширення задньої кишки, в яке впадають протоки нирок та статевих залоз. У риб є тільки внутрішнє вухо, у земноводних внаслідок переходу до наземного життя виникло середнє вухо, яке відкривається назовні отвором, закритим барабанною перетинкою. Півкулі головного мозку земноводних більш розвинені, ніж у риб, що пов’язано з ускладненням поведінки. Мозочок у земноводних менший, ніж у риб, оскільки в земноводних рухи одноманітні й нескладні.